יש הבדל!
פורמט APE הוא בעצם פורמט דחיסה של WAV שלא פוגע באיכות הסאונד.
פורמט WAV המיושן בעצם פותח מגוון תדרים שלא קיים ב-MP3. על כן ההבדל שקובץ וואב גודל פי 10 בקירוב מקובץ MP3.
קובץ WAV הוא הקירוב הכי טוב לאיכות תקליט וויניל(שנחשבת הכי טובה, מכיוון שבניגה מתקליט יש וויברציות המועברות דרך מערכת השמע שאנחנו לא שומעים אבל כן מרגישים - ועל כן האיכות המעולה), קובץ MP3 בעצם לוקח את כל התדרים שאנחנו לא שומעים וחותך אותם החוצה, בעצם הצימצום בתדרים מפחית מגודל הקובץ עצמו.
קובץ APE בעצם דוחס את קובץ ה-WAV, בעזרת אלגוריתם מסויים. כמו שקובץ זיפ עובד על אלגוריתם מסויים(אם זה מענין מישהו - בקובץ זיפ הקובץ המכווץ מומר לקובץ בינארי, וכל שלושה אפסים נרשמים בתור 03, כך שנחסך בייט אחד על כל שלושה אפסים, בפריסה הקובץ מומר שוב לבינארי וכל 03 מומר לשלושה אפסים)